Pablo, um talentoso zagueiro, começou sua trajetória nas categorias de base do Ceará, vindo do Ferroviário. Conhecido por sua agilidade, ele ingressou no time profissional do Ceará em 2010, com 18 anos, sendo visto como uma grande promessa do futebol local. Apesar de um desempenho modesto no Campeonato Cearense, com apenas 3 partidas e nenhum gol, ele se destacou no Campeonato Brasileiro, chamando a atenção por suas boas atuações.
Grêmio
Em janeiro de 2012, Pablo foi apresentado pelo Grêmio ao lado de Felipe Nunes e Douglas Grolli. Sua estreia oficial aconteceu em abril do mesmo ano, mas a atuação foi abaixo do esperado, resultando em uma derrota para o Pelotas.
Avaí
Pouco aproveitado no Grêmio, Pablo transferiu-se para o Avaí, onde enfrentou dificuldades iniciais, inclusive com problemas físicos. No entanto, ao final da temporada, ele ajudou o time a conquistar a classificação para a Série A de 2015.
Ponte Preta
Após não renovar com o Avaí, Pablo acertou com a Ponte Preta para a temporada de 2015, onde teve seus direitos comprados pelo clube.
Bordeaux
Em agosto de 2015, o Bordeaux, da França, pagou 6 milhões de euros para contar com Pablo em seu elenco.
Corinthians
Pablo foi emprestado ao Corinthians em 2017, onde estreou em fevereiro. Ele rapidamente se tornou titular, formando uma sólida dupla de zaga. Em julho, o clube anunciou sua compra definitiva, mas as negociações foram suspensas em agosto devido a desacordos financeiros.
Retorno ao Bordeaux
Com o fim das negociações com o Corinthians, Pablo retornou ao Bordeaux, onde continuou sua carreira.
Lokomotiv Moscou
Em 2020, Pablo foi anunciado como reforço do Lokomotiv Moscou.
Flamengo
Em março de 2022, Pablo foi contratado pelo Flamengo até 2025. Estreou em abril contra o Athletico Paranaense e, logo em seu segundo jogo, marcou um gol contra na Libertadores. Durante a temporada, perdeu espaço na equipe com a chegada de Dorival Júnior e, em 2023, com os novos técnicos, continuou como quarta opção para a zaga.
Botafogo
Em fevereiro de 2024, Pablo foi anunciado como reforço do Botafogo, mas enfrentou problemas físicos desde a chegada. Estreou em abril contra o Juventude, mas se lesionou novamente após 20 minutos em campo.